软包管理系统还提供了删除和清理软件包的命令。通过使用这些命令，用户可以删除系统中不再需要的软件包，并清理相关的文件和配置。例如，在DNF系统中，可以使用"dnf remove"命令删除软件包，然后使用"dnf autoremove"命令清理不再需要的依赖关系。

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